Per custodire l’immagine della Madonna col Bambino di epoca basiliana (sec. XIII), offesa all’occhio destro nel 1586 da un atto sacrilego, il vescovo di Nardò, Fabio Fornari, sollecitato dal clero e dai fedeli, pensò di costruire una chiesa capace e degna di ospitare la miracolosa immagine della Madonna, Madre di Dio.

L’8 gennaio 1590 iniziarono i lavori per la costruzione del sacro edificio su progetto del noto architetto, Gian Maria Tarantino di Nardò, e terminarono nel 1595, mentre la facciata fu completata nel 1597, data scolpita sull’architrave della porta d’ingresso.

La chiesa è una testimonianza architettonica dell’arte tardo rinascimentale a una sola navata rivolta verso oriente. Sulla parete di fondo sopra l’altare fu collocata la preziosa icona della Madonna; mentre sulla parete laterale di destra fu ricuperata un’antica (sec. XI di ignoto pittore basiliano) icona di Cristo nel sepolcro, in piedi e con le mani sovrapposte davanti, raffigurante il Cristo “sposo sofferente o Cristo dell’estrema umiliazione”. L’edificio sacro con il titolo “S. Maria della Grazia” fu consacrato da Mons. Antonio Sanfelice, vescovo di Nardò, il 10 maggio 1711.

Nel corso del tempo sono stati operati molti interventi all’interno e all’esterno della chiesa. Nel 1882, a 700 anni della nascita di S. Francesco d’Assisi, fu restaurato l’interno della chiesa, ricoprendo di marmi, di stucchi e di tele tutta la superficie delle pareti; nel 1928, a ricordo dei 700 anni della morte e della canonizzazione di S. Francesco, la facciata della chiesa fu restaurata e completata riportandola allo stato attuale.

Mons. Corrado Ursi l’8 settembre 1956 elevò ufficialmente la chiesa della Madonna della Grazia di Galatone a Santuario Mariano Diocesano “per la venerazione dei Galatonesi e dei forestieri per tanti e numerosi benefici della stessa Vergine che mai mancarono ai supplicanti”.

Altri rifacimenti furono eseguiti negli ultimi decenni del 1900: la chiesa venne ripulita radicalmente dalle sovrastrutture del tempo e riportata alla sobria eleganza tardo-romanica, come era stata disegnata dall’Architetto Gian Maria Tarantino nel 1590.

Nel 1972 l’affresco con l’immagine della Madonna con l’occhio nero fu tolto dal suo posto centrale e collocato su una stele in cemento e pietra all’interno del presbiterio.

Dopo quasi cento anni dalla costruzione della chiesa, il vescovo Tommaso Brancaccio (1669-1678) invitò i Frati Francescani Alcantarini, detti Scalzi, a custodire e curare la devozione alla Madonna della Grazia. Dopo aver raggiunto gli accordi e firmati i contratti per l’apertura di un nuovo convento a Galatone, i Frati Alcantarini si trasferirono il 30 novembre 1675 nelle stanze della villa del vescovo adiacente alla chiesa: il primo Guardiano fu lo spagnolo P. Bartolomeo di S. Giovanni.

I Frati Alcantarini si trovarono a disagio nell’abitare le ampie e nobili sale della sede vescovile, così si affidarono al noto ingegnere, Frate Minore della serafica Riforma, Fra Nicolò Melelli di Lequile.

Fra Nicolò trasformò con riconosciuta perizia le stanze superiori ottenendo al primo piano 21 celle tipicamente alcantarine e, al secondo piano, 15 stanzette ancora più̀ anguste per il noviziato.
In questo sacro luogo di ritiro e di ascetica formazione tanti giovani hanno maturato la base della loro santità: ancora intatte con i segni del tempo appaiono le due cellette abitate rispettivamente dal “Consolatore di Napoli”, il tarantino S. Egidio Maria di San Giuseppe, e dall’esile figura del mistico nobile leccese, il venerabile Fr. Giuseppe Ghezzi.

Intorno al 1860, con il contributo economico del sig. Nicola Maglio, fu realizzata la vasta ed elegante sala refettorio con il piccolo pulpito e, al primo piano ben 8 comode stanze per i religiosi della comunità, che Padre Primaldo Coco, Guardiano del Convento nel 1905 fece coprire con una tettoia utilizzando tegole marsigliesi. Lo stesso Padre Primaldo Coco, dopo aver concluso il servizio militare e sopravvissuto alla Grande Guerra del 1915-18, volle ritornare a Galatone accanto alla sua Madonna della Grazia, alla quale nel 1919 volle offrire l’omaggio di alcune pagine di storia del Santuario e del Convento.

Il convento fu soppresso nel 1866 e subito riscattato nel 1877. Nel 1960 su progetto dell’Ing. Tommaso Leante, furono realizzati accanto all’antica struttura nuovi ambienti sia per la Comunità e sia per il noviziato.