La chiesa è collocata nel cuore del centro storico di Copertino, sul luogo stesso in cui è nato e vissuto San Giuseppe da Copertino. La costruzione, elegante e architettonicamente notevole, benché di capienza non eccessivamente grande si presenta come un volume imponente. E’ costruita in conci di tufo locale a faccia vista, coperta con volte in muratura. Ha davanti e attorno un sufficiente spazio di rispetto che esalta il monumento.

Facciata
La facciata si ispira alla lezione borrominiana. E’ costituita da due ordini nettamente distinti da un alto cornicione marcapiano. L’ordine inferiore si scompone in tre sezioni, ciascuna definita da due paraste con capitello corinzio, al centro delle quali nelle due sezioni laterali si apre una nicchia semicircolare sovrastata da una calotta emisferica a conchiglia, il tutto inquadrata in una cornice con mensola sottostante e timpano curvo. La sezione centrale è concava e presenta al centro il portale, inquadrato da una spessa cornice e sormontato da una finestra con architrave ad arco ribassato, la cui cornice è affiancata da volute e mascheroni. L’ordine superiore prolunga la sezione centrale dell’ordine inferiore: è inquadrato da paraste con capitello, in prolungamento di quelle inferiori; ha specchiatura concava, in analogia alla sezione inferiore; presenta al centro una nicchia simile a quelle inferiori salvo che in alcuni particolari delle cornici, più ricchi, e nel timpano che qui è triangolare. E’ completato da due acroteri che sono in asse con la paraste inferiori più esterne e che sono raccordati al corpo centrale con volute gattonate. L’ordine superiore è coronato anch’esso da spessa cornice e dal fastigio costituito da due acroteri laterali e da un pilastro centrale con scolpito lo stemma del comune di Copertino con croce al vertice e due volute gattonate che lo collegano con gli acroteri.

Interno
L’interno ad aula unica è a croce greca, con l’abside un po’ più profonda rispetto al braccio della controfacciata, nel quale alloggia su un’orchestra l’organo a canne. A destra e a sinistra entrando si accede rispettivamente alla stalla in cui San Giuseppe da Copertino è nato e alla sala delle reliquie. L’aula è costituita da un ottagono in cui si intercalano i bracci della croce con dei pilastri, sui quali poggia la volta a spigolo unghiata, mentre un cornicione che separa i due ordini come in facciata corre per tutto il perimetro interno della chiesa. I bracci sono caratterizzati da archi mentre i pilastri mostrano alla due estremità delle paraste sormontate da capitelli corinzi. Nei bracci di destra e di sinistra dell’aula vi sono due altari laterali. La luce entra nell’aula, oltre che da finestrone della facciata, da finestre polilobate con vetrate istoriate aperte al centro dei muri della volta compresi tra un’unghia e l’altra, al di sopra e in asse con gli archi dei quattro bracci. L’abside, lunga più del doppio degli altri tre bracci, ospita il presbiterio. Ha forma emiottagonale, con paraste sormontate da capitelli su ogni spigolo. Al centro tra le paraste si apre una nicchia, decorata con cornici e fastigio in marmo, in cui è collocata la statua di San Giuseppe. Nelle altre quattro specchiature vi sono quattro finestre ovali con vetri istoriati, decorate con elaborate cornici. L’abside è coperta da una cupola formata da una volta a spigolo unghiata con i piedritti più elevati tra i quali si aprono delle finestre romboidali polilobate.